症状
菌の感染後4〜21日、通常は7〜10日の潜伏期を経て、鼻汁や咳などのかぜ症状で始まり、1〜2週間で特徴的な発作性の咳になります。コンコンという短い咳が何度も続いたあと、息を吸う時にヒューという笛のような音を出します。6ヶ月未満の乳児では特徴的な咳の発作を示さず、無呼吸状態になり、青白くなったり（チアノーゼ）、けいれんを起こすことがあります。咳の発作は夜間に多く、発作と発作の間の咳のないときは比較的元気ですが、強い咳のためにまぶたが浮腫状になります。
発作性の咳が3〜4週間続いたあと、咳は弱くなり、回数も減って開腹していきます。
肺炎や、強い咳のための鼻血、結膜出血は、しばしばみられる合併症です。激しい咳のあとに、脳出血を起こすこともまれにあります。
乳児の場合は、肺炎や脳症を併発して死に至ることもあるので、容体の変化には注意が必要です。
原因
百日咳菌の感染によって起こります。年間を通してみられますが、患者数は夏から秋にやや多い傾向があります。
感染経路は、通常は飛沫感染ですが、接触感染もあります。周囲の人へ感染しやすいのは、鼻汁やふつうの咳が出ている時期から、発作性の咳が出始める最初の1週間（症状が出始めて約3週間）です。
成人も含めて小中学生以上の患者は特徴的な咳の発作がなく、また百日咳と診断されずに、乳幼児への感染源になっていることもあります。
治療法
百日咳菌に対する抗菌薬の処方と対処療法（水分補給、咳止めや端を出しやすくする薬など）を行います。発作性の咳になってからの抗菌薬の使用は、症状を軽減する効果はあまり期待できませんが、菌を減らして周囲への感染を抑える効果があります。
患者と接触のあった家族などに対して、抗菌薬が予防的に処方される場合もあります。
また、ワクチン（不活化）があり、年齢によっては定期接種として公費負担で受けられます。